Imports
Biobase (>= 2.54.0), BiocParallel (>= 1.26.2), BSgenome (>=
1.62.0), BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19 (>= 1.4.3),
BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38 (>= 1.4.4), changepoint (>= 2.2.3),
changepoint.np (>= 1.0.3), checkmate (>= 2.0.0), dplyr (>=
1.0.8), GenomeInfoDb (>= 1.28.4), GenomicRanges (>= 1.44.0),
ggplot2 (>= 3.3.5), ggtext (>= 0.1.1), IRanges (>= 2.26.0),
maftools (>= 2.10.5), methods (>= 4.1.3), plyranges (>=
1.17.0), Rdpack (>= 2.3.1), rlang (>= 1.0.2), S4Vectors (>=
0.30.2), scales (>= 1.2.0), tibble (>= 3.1.6), tidyr (>=
1.2.0), tools, utils, VariantAnnotation (>= 1.38.0)
Suggests
BiocStyle (>= 2.26.0), knitr (>= 1.37), rmarkdown (>= 2.13),
stats, testthat (>= 3.0.0)